Стал ради интереса сверять с Sape Wizard (который, по идее, должен тоже отслеживать проиндексированность) и довольно быстро нашел пример, когда ссылка есть в сохраненке, но отсутствует в выгрузке. Сохраненка по идее древняя (с &how=tm показывает 2008 год).
Вот смотрите. Проверяем бэк прямо на выдаче, кнопкой "YAL" из Сапы. Добавляем &how=tm, чтобы посмотреть на дату сохраненки.

Дата древняя. Вроде тут показывается первый вход документа в индекс (сама ссылка точно младше). По крайней мере оно не проиндексировано вчера, после составления выгрузки.
Окей, ищем этот сайт в выгрузке:

Ну и да, ничего не находим. Нету ее там.
Самое приятное: в списке ссылок, которые тот же Яндекс.Вебмастер показывает в веб-интерфейсе, ссылка есть:

Вот она ссылка. Дату я подчеркнул, чтобы было видно, что выгрузка свежая.
Что прикажете с этим делать? Ну понятно, я послежу еще какое-то время и поищу еще примеры. Но если кто вдруг этим уже занимался - поделитесь плиз.
На всякий случай, вот копипаста из хелпа Яндекс.Вебмастера:
Почему в разделе "Внешние ссылки" отображаются не все ссылки?
В сервисе отображаются все найденные роботом ссылки на ваш сайт. Причины, по которым некоторые ссылки могут не показываться:
- страница, на которой расположена ссылка на ваш сайт, не проиндексирована — ее нет в результатах поиска Яндекса;
- ссылка содержит атрибут rel="nofollow";
- ссылка оформлена как строка текста, т.е. по ней нельзя перейти, кликнув мышью (например, www.yandex.ru);
- ссылка не ссылается непосредственно на ваш сайт, а делает это через промежуточную страницу с редиректом;
- ссылка появилась на странице недавно и эту страницу робот еще не успел переиндексировать.
Остальные ссылки должны быть видны. Новая ссылка, если с ней нет перечисленных выше проблем, через некоторое время после ее появления должна начать отображаться в разделе "Внешние ссылки".
Вроде бы нашего случая тут нету.